/home/nishio/.config/menus/ 以下がなぜかroot権限になっていたので，メニューが編集できなかったみたい (nishioはユーザ名）よって， $ sudo chown -hR nishio:nishio /home/nishio/.config/menus/ とすることで，見事メニューが編集できるようになった．